В Москве в октябре 2003 года в отношении руководителей нефтяной компании «ЮКОС» — Михаила Ходорковского (президент компании) и Платона Лебедева (глава совета директоров банка «Менатеп», крупнейшего акционера ЮКОСа) — возбудили уголовное дело. Их обвинили в мошенничестве, уклонении от уплаты налогов и хищении в особо крупном размере.

25 октября 2003 года в Новосибирске задержали Михаида Ходорковского. Несколькими месяцами ранее, в июне и июле 2003 года, арестовали начальника службы внутренней экономической безопасности компании Алексея Пичугина и Платона Лебедева.

Пичугина обвинили в организации убийств и покушений на убийства.

31 мая 2005 года Мещанский районный суд Москвы признал фигурантов дела и назначил им наказание — по девять лет лишения свободы. В апелляции срок сократили до восьми лет.

В августе 2007 года Московский городской суд приговорил Алексея Пичугина к пожизненному лишению свободы.

В 2007 году против Ходорковского и Лебедева возбудили новое уголовное дело, по которому их обвинили в хищении нефти у дочерних предприятий ЮКОСа и отмывании денежных средств.

27 декабря 2010 года Хамовнический районный суд Москвы признал Ходорковского и Лебедева виновными и приговорил их к 14 годам лишения свободы каждого, с учётом первого приговора.

В апелляции срок снизили до 11 лет 3 месяцев.

В 2013 году политик попросил Владимира Путина о помиловании, чтобы увидеться с больной матерью, и тот выполнил просьбу. Ходорковский покинул Россию. В декабре 2013 года Путин подписал указ о помиловании Михаила Ходорковского, и его освободили из колонии.

В январе 2014 года на свободу вышел Платон Лебедев.

В конце 2015 года Ходорковского объявили в розыск из-за уголовного дела об убийстве мэра Нефтеюганска Владимира Петухова.

В сентября 2023 года против Ходорковского возбудили уголовное дело о «фейках» про российскую армию по мотивам политической ненависти. Его объявили в розыск.

Поводом для уголовного дела стал пост англоязычном аккаунте Ходорковского в Твиттере (сейчас он заблокирован) с фотографией документа, якобы отправленного замминистром финансов Ириной Окладниковой вице-премьеру Дмитрию Григоренко. В документе говорилось, что к середине августа 2022 года на войне в Украине погибли 48 759 российских солдат.

В октябре 2025 года ФСБ России возбудила уголовное дело против Михаила Ходорковского и членов «Антивоенного комитета России». В число фигурантов вошли Михаил Касьянов, Марат Гельман, Леонид Гозман, Владимир Кара-Мурза, Сергей Алексашенко, Дмитрий Гудков, Сергей Гуриев, Борис Зимин, Евгений Чичваркин, Евгений Киселев, Михаил Кокорич, Евгений Кунин, Елена Лукьянова, Юрий Пивоваров, Константин Чумаков, Анастасия Шевченко, Виктор Шендерович, Гарри Каспаров, Кирилл Мартынов, Максим Резник, Артур Смольянинов и Екатерина Шульман.

Фигурантов обвиняют в насильственном захвате власти, а также в организации террористического сообщества и участии в нём. Отдельно Михаила Ходорковского обвиняют в публичных призывах к осуществлению террористической деятельности.

По версии следствия, указанные лица в феврале 2022 года учредили движение «Антивоенный комитет России» с целью насильственного захвата власти и изменения конституционного строя в РФ. 30 апреля 2023 года в Берлине движение приняло учредительный документ — «Берлинскую декларацию», в которой заявляется о необходимости ликвидации действующей власти в России. В октябре 2025 года при участии движения в Парламентской ассамблее Совета Европы была создана «платформа российских демократических сил», которую Михаил Ходорковский позиционирует перед западными странами как «учредительное собрание переходного периода» и альтернативу органам власти РФ. Также, по версии следствия, Ходорковский и другие учредители «АКР» финансируют украинские военизированные подразделения, которые в России признаны террористическими, и вербуют в них людей для последующего захвата власти в России.